Das Stadtmuseum präsentiert neben zahlreichen, immer wieder wechselnden Sonderausstellungen auf sehr anschauliche Weise die Stadtgeschichte Klosterneuburgs. Besonders gut gelungen ist die Integration eines mittelalterlichen Weinkellers in die Räumlichkeiten. Besonderes Gustostückerl des Museums sind aber die 1238 mittelaltelichen Bodenfliesen, die fachmännisch restauriert wurden und eindrucksvolle figurelle Verzierungen mit Tier- und Fabelmotiven aufweisen.
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